Introducción: una de las nuevas carreras surgidas con la implantación de los planes de formación E en Cuba es la Ingeniería en Bioinformática. Es una carrera que se presenta bajo la sombrilla de las Tecnologías de la Salud. Se precisa entonces definir los elementos que distinguen la disciplina de Matemática en esta carrera de las de otras ingenierías y técnicos medios superiores que se estudian en la Universidad de las Ciencias Informáticas. Esos elementos están altamente correlacionados con el trabajo inter y transdisciplinario que realiza y debe perfeccionar este colectivo de profesores para mejorar su desempeño profesional pedagógico. Objetivo: describir las implicaciones que existen entre la interdisciplinariedad y la transdisciplinariedad en el mejoramiento del desempeño profesional pedagógico de los profesores de la disciplina de Matemática en la carrera de Ingeniería en Bioinformática y su posible repercusión en el uso eficiente de las tecnologías de la salud en Cuba. Desarrollo: los modos de actuación definidos por la literatura internacional para un bioinformático, así como los definidos en el Plan de estudios de Ingeniería en Bioinformática en Cuba, establecen que este profesional posea conocimientos y habilidades matemáticas que el colectivo de profesores de esta disciplina puede fomentar con mayor intencionalidad y profundización a partir de seguir un comportamiento inter y transdisciplinar en su desempeño profesional pedagógico. Conclusiones: mediante un grupo de situaciones propuestas a partir de considerar los modos de actuación del ingeniero en Bioinformática se evidencia la necesidad del trabajo inter y transdisciplinario del colectivo de profesores de Matemática para mejorar su desempeño profesional pedagógico.